水产养殖中常用的杀虫药物主要是有机磷、菊酯类、重金属和抗生素等，这些药物会导致寄生虫神经兴奋麻痹，导致死亡，或使蛋白质变性失去致病力，或通过接触杀灭和毒性使寄生虫丧失活力。

在杀死寄生虫的同时，药物对养殖动物本身也具有潜在毒性，这可能会导致动物肝脏功能障碍。在养殖过程中，由于广泛使用杀虫药物，导致许多动物的肝脏会变黄，胆汁分泌减少，养殖动物体质变弱。

一些杀虫药物具有高度的刺激性，不同养殖动物对药物的敏感性不同。不当使用会导致养殖动物产生应激，不进食，诱发其他疾病（如病毒性疾病），加重死亡。尤其是在养殖动物体质虚弱的情况下使用，得不偿失。

大多数杀虫药物对水体中的藻类和菌类都有灭杀作用，使用后会引起倒藻水变，破坏水体的稳定性，加剧倒藻后水体的缺氧。

使用杀虫药时，剂量控制不准确，或盲目使用药物（如孢子虫形成囊肿后，药物不能直接杀死），导致杀虫剂无效，或因剂量和药物残留过多而影响养殖动物的存活率，频繁使用杀虫剂，导致抗药性的产生，导致一波又一波的反复杀戮。